Еще раз я единственный, кто читает мои записи о Adobe Air.
Исправление было в JavaScript:
CapacityWindow = window.open(document.location, 'CapacityWindow', 'toolbar,scrollbars,menubar,width=800,height=950');
CapacityWindow.document.write (с);
CapacityWindow.document.close ();
Предыдущий скрипт не разрешал закрывать существующее окно, чтобы открылось новое.