Итак, после долгих потянув за волосы, я нашел и решение моей проблемы, и ответ на мой вопрос.
MSBuild сохраняет параметры по умолчанию в наборе файлов .rsp и файлов .targets, находящихся в базовом каталоге MSBuild. В моем случае это был C: \ Windows \ Microsoft .NET \ Framework \ v3.5. Хитрость заключается в том, что параметры хранятся отдельно для 32-разрядной версии MSBuild и 64-разрядной версии (C: \ Windows \ Microsoft .NET \ Framework64 \ v3.5. Для нашей сборки требовалось изменить файл визуальных базовых целей по умолчанию, который позаботился о неоднозначном справочном звонке, который я получал.
Моя проблема произошла из-за того, что что-то изменило мой системный путь, указав на Framework64 вместо Framework. Поскольку мой пользовательский файл .targets был применен только к 32-разрядной версии MSBuild, неоднозначная ссылка не была правильно разрешена. К сожалению, нет никакой визуальной разницы между запуском 64-битной версии MSBuild и 32-битной версией MSBuild. Когда я исправил системный путь, все снова заработало.