Я не пытался напрямую изменить расширения файлов .aac и .m4a с одного на другое, но из прошлого опыта я сталкивался с аудио, закодированным через AAC, которое при воспроизведении в виде файла AAC не отображать общее время трека в моем медиаплеере. Если обернуть в файл m4a с использованием мпксера mp4 и воспроизвести как таковой, будет отображаться общее время дорожки. Так что это имеет эффект.
И, как сказал mark.chackerian, расширение файла может относиться к формату обертки, а не только к кодеку, используемому для кодирования звука. AAC - это кодек, MP4 - это формат оболочки, а .m4a - расширение только для аудио файлов MP4 (я полагаю).