Это глупо, но вы можете выполнить поиск строки и затем оттуда работать в обратном направлении, чтобы заменить строки комментариев xml пустыми строками. Если вы можете реализовать это в C # (регулярное выражение будет вполне подходящим для этого), то довольно просто обернуть это в пользовательскую цель nant (как я сделал здесь для другой проблемы).
Совершенно другим подходом было бы сохранить узлы в другом файле и вставить их в этот XML-файл, используя xmlpoke . Вероятно, это лучший подход, чем описанный выше, но это зависит от ваших конкретных обстоятельств.