Короче говоря: ничего
jQuery - это слой абстракции поверх простого JavaScript, он - это JavaScript, он просто добавляет несколько ярлыков для общих задач, как правило, с высокой степенью оптимизации и кросс-браузерным способом.
Это ничего не убирает, вы можете смешивать и сочетать все, что хотите, jQuery просто добавляет к вашим опциям.
Я бы посмотрел на jQuery документацию по началу работы , чтобы узнать больше вопросов, которые могут у вас возникнуть.