Лучший способ сделать это - отключить его с помощью веб-сервера apache2. В моем Ubuntu 14.X - открыть /etc/apache2/apache2.conf
изменить с
<Directory /var/www/>
Options Indexes FollowSymLinks
AllowOverride None
Require all granted
</Directory>
до
<Directory /var/www/>
Options FollowSymLinks
AllowOverride None
Require all granted
</Directory>
затем перезапустите apache:
sudo service apache2 restart
Это отключит список каталогов для всех папок, которые обслуживает apache2.