На самом деле и апплеты, и веб-запуск могут начинаться с одного и того же кода апплета Java. Web start поддерживает запуск неизмененного апплета .jar в отдельном фрейме, все что вам нужно, это правильно написать файл JNLP. При необходимости вы можете указать параметры апплета в файле JNLP. Единственное отличие состоит в том, что апплет будет отображаться в отдельном фрейме, а не как часть веб-страницы, что может быть или не быть проблемой. Почему бы не предоставить апплет и веб-ссылку для запуска? JNLP не намного сложнее написать, чем тег applet.
Я думаю, что не должно быть большой разницы между запуском Web и производительностью апплета, если апплет не работает в какой-то старой JRE, которая является частью браузера. В любом случае, я бы не рекомендовал этого - как и любое другое программное обеспечение, Java развивается и со временем улучшается. Это может объяснить сообщения о том, что веб-приложение запускается намного быстрее, иначе это было бы очень трудно понять. Если ваш апплет поддерживает также старые JRE, я думаю, вы можете просто указать младший номер версии в JNLP, добавив +, чтобы он также мог работать с будущими версиями.