Поскольку, как следует из названия, веб-сайт на основе файловой системы просматривает только файловую систему и поэтому не имеет информации о каких-либо виртуальных каталогах, созданных в IIS.
Если вы хотите добиться чего-то подобного, то вы можете «смоделировать» виртуальные каталоги, создавая ссылки / соединения в файловой системе (чтобы включить другой каталог в месте, где вы создаете виртуальный каталог для веб-сайта на основе IIS) ). Это можно сделать с помощью инструмента Junction , например.