Вставки в середину стола требуют блокировки. Таким образом, в настройках по умолчанию MySQL предпочтет заполнить дыры, даже если это предотвратит одновременные вставки.
Так что, да, MySQL предпочитает заполнять дыры.
Если для параметра concurrent_inserts задано значение 2, MySQL сообщает, что, если в таблице есть блокировка, вставьте в конец, что не требует блокировки, даже если есть еще отверстия для заполнения. Таким образом, это позволяет выполнять одновременные вставки, даже если в середине есть отверстия, за счет того, что для их заполнения требуется больше времени.