У нас есть корпоративное приложение, которое использует веб-сервис (WS), и большинство наших коллег используют eclipse (я использую Intellij, но это не имеет ничего общего с WS).
В любом случае, у нас нет проблем, и причина в том, что мы не используем IDE для чего-то определенного для WS. Мы используем такие инструменты, как JBossWS, SOAP-UI и т. Д., Чтобы справиться с тем, что можно подумать о конкретных задачах WS.
Я полагаю, что ЭТО в целом лучший подход; Использовать любые сторонние инструменты, которые хороши, и не слишком зависеть от конкретных функций Eclipse / Netbeans.
Мы также используем maven для управления зависимостями вместо встроенного в eclipse, и это была очень хорошая идея. Нам не нужно затмение, чтобы строить вещи, мы можем без проблем интегрировать проект в CI (Continuous Integration) сервер, и я могу использовать свою любимую среду разработки Intellij.
Если мы хотим получить что-то из внешнего источника, это очень удобно, потому что нам не нужно заботиться о том, какие плагины они используют. Просто скажите, что это проект maven, дайте им источник, и они готовы идти.
Подводя итог, я советую сделать так, чтобы вы могли выбирать, какую IDE вы хотите использовать.