Я не могу сказать вам на 100% уверен, но я думаю, что да, вы можете. В фреймворке .NET, который требуется разместить на IIS 5, нет ничего особенного - это просто ISAPI. Для IIS .NET - это просто еще один фильтр ISAPI, поэтому ему все равно, какое волшебство вы делаете, пока вы возвращаете ему какой-то текст из его вызова. Но опять же, я не знаю наверняка, что MVC (.NET 3.5) хорошо работает с IIS 5.1
С точки зрения безопасности, есть множество причин не размещать на IIS 5.1, но если это не проблема (и производительность не критична), то IIS 5 должна быть в состоянии разместить приложения .NET 3.5.
Прочтите о проблемах безопасности, если вы планируете развертывание в Интернете с IIS 5.1.