Просто скопируйте их из потока в массив:
#include <fstream>
#include <vector>
#include <algorithm>
#include <iterator>
int main()
{
std::ifstream file("filename");
std::vector<int> array;
std::copy( std::istream_iterator<int>(file),
std::istream_iterator<int>(),
std::back_inserter(array));
}