Это не столько ответ, сколько толчок в правильном направлении, но начните здесь:
:help quoteplus
:help x11-cut-buffer
В частности, второй текст справки содержит некоторые интересные заметки о приостановке vim. Он утверждает, что записывает буфер в PRIMARY и CUT_BUFFER0, чтобы вы могли использовать средний щелчок после приостановки. Может быть, вы удалили те или плагин мешает? Возможно, вы используете старую версию vim (я использую 7.2.182).
Я предлагаю отключить все плагины, которые вы установили вручную, и попробовать vanilla vim. Если это не сработает, попробуйте использовать флаг vim -V (подробный) и посмотрите, попытается ли он поместить буфер в PRIMARY или CUT_BUFFER0, прежде чем он действительно будет приостановлен.
У меня нет vim, скомпилированного с X (vimx), поэтому я сам не могу проверить это. Надеюсь, это приведет вас в правильном направлении.