Если вы используете .NET 3.5, то я бы предложил использовать предложение LINQ where для возврата только тех строк, которые вас интересуют.
string[] file = File.ReadAllLines(file_name).Where(line => !line.StartsWith("��")).ToArray();
Вы также можете использовать некоторую форму регулярного выражения вместо метода line.StartsWith()
.
Примечание: Если вы читаете файлы Microsoft Office Word, я бы порекомендовал вам использовать COM Interop или стороннюю библиотеку для чтения документа MS Word (это будет гораздо проще, чем пытаться разбери файл сам).