Кажется, мой xib-файл был сохранен с неверной информацией о файле, когда был создан File-> New_file-> Create UIViewController подкласс в XCode.
Когда я изменил информацию о файле на ту же, что и для MainWindow.xib, а также переместил ее из папки компиляции Target, она работала нормально; он скомпилирован и запущен в конструкторе интерфейсов.
PS: Я тоже обновился напрямую с Tiger до Snow Leopard, так что это может быть кандидатом на смешивание настроек Xcode?