Несмотря на то, что у вас есть полная гибкость - PLAF или plug -able-look-and-framework, ну, в общем, подключаемая - многие разработчики считают, что пользователи будут чувствовать, что приложение странное - это неловко, если оно не выглядит другие приложения в их операционной системе. На данный момент Swing имеет внешний вид OSX, который работает только на OSX, и я думаю, что обратное верно для Windows.
Хотя это зависит от вашей аудитории, конечно, приложения Swing, предназначенные для коммерческой привлекательности , как правило, , стараются использовать нативный внешний вид.
Примечание: В OSX некоторые стандартные функции OSX, такие как «Выход из приложения» в меню яблока (а не в меню файлов, как в Windows), доступны ТОЛЬКО в их стиле.
Редактировать: Чтобы приложение было действительно кроссплатформенным, вам понадобится отдельное руководство для разных платформ, если вы используете нативный внешний вид. Это может быть хорошей причиной, чтобы избежать этого и выбрать тот, который вам нравится, например, металл.