Воспользуйтесь обратным вызовом. Этот плагин принимает переменную onExpiry
. Передайте это со ссылкой на функцию, которую вы хотите вызвать, когда истечет время таймера.
$('#timer').countdown({until: 12,compact: true, onExpiry:myFunc, description: ' to Go'});
function myFunc() { /* whatever */ }