Если на вашем сервере используется приложение панели управления, такое как cPanel, это, вероятно, уже может решить эту проблему для вас.
Если вы используете пустой сервер, просто запустите PHP 5 с использованием одного метода (например, DSO), а PHP 4 - с использованием другого метода (например, SuPHP). Затем вы можете использовать файл .htaccess, чтобы определить, какую версию PHP использовать, или просто иметь .php для PHP 5 и .php4 для файлов PHP 4.
Тем не менее, между PHP 4 и PHP 5 существует огромное совпадение. Единственное существенное отличие, которое я могу придумать, не случайно, с чем можно столкнуться, это обработка XML.