Существует так много переменных, что на ваш вопрос о скорости невозможно ответить однозначно.
С одной стороны, настольное приложение имеет локальный доступ ко всем своим ресурсам и быстрый сетевой доступ к общей базе данных. Вычислительная нагрузка распределяется среди всех рабочих станций. Теоретически, настольные приложения работают быстрее.
С другой стороны, в веб-приложении вы не переносите большие объемы данных на рабочую станцию, а только отображаете разметку. Поскольку вычислительные ресурсы в основном сосредоточены в одном месте, управление и сопровождение программного обеспечения становится намного проще, поскольку на рабочих станциях не требуется установка программного обеспечения.
Кроме того, Javascript позволяет выполнять некоторую интеллектуальную работу в браузере, делая его больше похожим на настольное приложение.
Так что нужно учитывать гораздо больше факторов, чем просто производительность.