Нет, неважно, фреймворк встроен в Windows, и если в вашей версии Windows отсутствует фреймворк для устанавливаемой вами VS, он установит ее для вас. Обязательно запустите обновление Windows после.
Каркас был построен для работы рядом.
В настоящее время я использую Visual Studio 2003,2005 и 2008. У меня установлены сборки 1.0,1.1,2.0,3.0,3.5.
Я не устанавливал их по порядку и никогда не сталкивался с проблемой.