Что если этот запрос реплицируется на другой сервер?
ALTER будет выполняться и на этом сервере, с соответствующими последствиями.
Будет ли уничтожение процесса на другом сервере отменять запрос на изменение исходного сервера?
Нет. Исходный сервер не имеет обратного канала, чтобы узнать о том, что произошло (или не произошло) на ведомом устройстве. Если вы убьете ALTER на ведомом устройстве, то вы окажетесь в ситуации, когда мастер имеет новое ограничение или индекс, а ведомый не имеет. Это редко рецепт счастья:)
Как только ALTER входит в журнал репликации, вы должны либо позволить ему работать везде, либо уничтожить его везде.