Чтобы избежать этой проблемы, я бы также развернул локальную «промежуточную» папку, по сути, папку на моем рабочем столе. После того, как файлы были скомпилированы и развернуты в Visual Studio, я удалил файлы, которые меня не интересовали (в вашем случае App_Data), а затем либо XCopy, либо использовал Windows Explorer для копирования файлов на веб-сервер.
Кроме того, я не знаю, как заставить Visual Studio сама опускать эти файлы / папки при развертывании.