Стандартный подход заключается в том, чтобы внедрить DLL в процесс с помощью SetWindowsHookEx, подключив WH_CALLWNDPROC для мониторинга сообщения WM_NCPAINT. Раньше это работало довольно хорошо, но не более того. Визуальные стили и Vista UAC заставят вас отрастить довольно длинную бороду. Распространенный в дни Windows 3.x, я не видел, чтобы это делалось в течение долгого времени.