Neoclipse следует собирать не вместе с текущими исходными кодами Neo4j, а с библиотеками в каталоге lib / проекта. В pom.xml есть ссылки на те же библиотеки, что делает Eclipse RCP и Maven счастливыми! Формат диска баз данных Neo4j не менялся между версиями, поэтому старые библиотеки, используемые в Neoclipse, не должны быть большой проблемой. Neoclipse будет обновлен, как только будет выпущена версия ядра Neo4j 1.0 (что, я надеюсь, скоро).