Вам, вероятно, понадобится переключать тему назад или вперед или очищать кэш, чтобы все заработало после перемещения файлов, поскольку Drupal сохранит расположение некоторых файлов.
Ваши настройки и тому подобное сохраняются в базе данных на основе ее имени, определенного в коде. Это не имеет никакого отношения к тому, где вы разместили файлы, так что это не должно создавать никаких проблем. То же самое касается модулей.