Вы можете запросить дочерние элементы стековой панели.
IEnumerable<CheckBox> selectedBoxes =
from checkbox in this.stackPanel1.Children.OfType<CheckBox>()
where checkbox.IsChecked.Value
select checkbox;
foreach (CheckBox box in selectedBoxes)
{
// do something
}
Тот же запрос в лямбда-форме
IEnumerable<CheckBox> selectedBoxes =
this.stackPanel1.Children.OfType<CheckBox>()
.Where(cb => cb.IsChecked.Value);