Предисловие: Я предполагаю, что ОС компьютера, на который вы хотите скопировать файлы, немного напоминает Windows.
Первая часть работы Марка Бесси является несколько правильной, однако даже в современных версиях окон с современными файловыми системами (например, NTFS) вы все равно можете столкнуться с проблемами.
Я подозреваю, что ограничение, с которым вы сталкиваетесь, связано с MAX_PATH, который является предопределенным ограничением на длину пути, который допускают многие API в Windows.
Вы можете попробовать использовать Robocopy для создания резервной копии, поскольку она может создавать пути длиннее, чем ограничение MAX_PATH. Однако большинство приложений не смогут получить доступ к этим файлам.
Тарирование или архивирование файлов может быть хорошим планом, но маловероятно, что вы сможете разархивировать или распаковать их на компьютер с Windows.