Возникает вопрос: почему бы вам тогда просто не реализовать все свои вещи в Prototype - или реализовать все в jQuery? В целом они оба имеют одинаковые возможности.
Однако, чтобы прямо ответить на ваш вопрос - на самом деле это не способ сделать пользовательскую сборку jQuery. Но вы можете просто позвонить noConflict сразу же после включения библиотеки jQuery.
Тогда для ваших вещей вы можете просто обернуть все это в
(function($){
// your jQuery code here... Can be used with $ as normal.
})(jQuery);
внутри этой функции вы сможете использовать $ в качестве псевдонима - вне него вам нужно будет использовать jQuery. Единственный момент, который здесь есть, заключается в том, что если вы хотите, чтобы переменная, определенная внутри, была глобальной, вы должны сделать это вручную, поскольку все в этой области будет ограничено функцией. Вы можете сделать это так:
(function($){
window.myGlobalVar = 'This is a global variable';
})(jQuery);