Самый простой способ - скопировать структуру папок / файлов из / core вниз и воссоздать нужный бит внутри / local - так app / code / local / Mage / Adminhtml / Block ... и т. Д.
Это работает для файлов PHP, локальная папка стоит на первом месте в пути включения, поэтому файлы будут иметь преимущество перед ядром, но я не уверен насчет config.xml ... Я думаю, что все будет в порядке (вынужен весь файл с вашими дополнениями, так как он не будет читать основную версию).
Это оставит основные файлы без изменений, но если скопированные файлы изменятся в обновлении, вынеобходимо принять эти изменения и поместить их в вашу версию.
Выполнение этого в качестве отдельного модуля было бы возможным, но это довольно сложно объяснить в ответе ... модуль AW_Blog хорош для поискахотя для выяснения того, что делают файлы конфигурации.