Почему бы вам просто не добавить файл css в файл ascx, который даст вам Intellisense, а затем добавить строку кода на стороне сервера в файл ascx, который будет включать файл css только в том случае, если определенная переменная установлена в web.config, например?
<%if(Convert.ToBool(ConfigurationManager.AppSettings["DevelopMode"])%>
<link href="MyCssFile.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
Это даст вам IntelliSense, но будет включать файл css с главной страницы, когда приложение запущено.