Для создания заметок с помощью emacs вы можете попробовать запомнить emacs-org и M-x (оба работают друг с другом).
Другим слегка оффтопическим ответом было бы использование переноса слов: вы можете разрешить длинной строке быть длинной строкой в файле, но разрешите emacs переносить строку на границе слова для лучшей читаемости с M-x toggle-word-wrap
Наконец, вы можете установить режим адаптивного заполнения равным nil в вашем .emacs, чтобы удалить это адаптивное заполнение:
(setq adaptive-fill-mode ())
Вы также можете посмотреть на adaptive-fill-regexp
(см. Документацию по Emacs для этого)