Я оставлю для потомков свое решение этой проблемы.
Я думаю, что я ожидал, что java -jar сделает что-то, чего не делает.
Если вы используете обычную команду java, вы можете включить jar в classpath, и вы получите почти то же самое, что и java -jar, только вы должны указать имя класса, который хотите использовать. Это выглядит так:
java -cp .:path/to/Jar.jar com.company.package.Class arg1=val1 arg2=val2 ....
Скорее всего, вы собираетесь создать скрипт для запуска программы для вас, так что дополнительная сложность вызова из командной строки на самом деле не так уж велика, так как вы все равно соберете его один раз.
Вы увидите, что я включил '.' как первый элемент в classpath, что означает, что все, что находится в том же каталоге, что и jar, будет также включено в classpath. Разумеется, все, что находится внутри банки, также включено в путь к классам, поскольку сам банк также находится в пути к классам.
Вы также увидите, что я показал, как вы все еще можете передавать аргументы в командной строке. Это было то, в чем я не был уверен, когда начинал, но все работает как положено.
Я уверен, что это просто базовые знания по развертыванию Java, но мне почему-то не хватало.
Надеюсь, это поможет кому-то еще. Это, безусловно, сэкономило бы мне много времени, если бы кто-то смог сказать «не пытайтесь заставить работать -jar - просто используйте метод -cp» ...