Хм. Думаю, решением вашей проблемы является класс AssemblyName.
Во-первых
Process.GetProcesses().Where(p => p.ProcessName = nameUWant); //maybe single or default?
затем с каждым процессом возьмите Process.Modules, чтобы загрузить dll или exes, загруженные этим процессом
После того, как вы получите имя, которое вы хотите. (модуль имеет свойство name).
Тогда используйте
AssemblyName.GetAssemblyName().GetPublicKeyToken() != null
Это должно работать.
надеюсь, это поможет