установленная временная метка появляется в каждом журнале медленных запросов, поэтому пропустите эту строку; фиксация - причина, по которой он появляется в медленном запросе;
Так как в медленный журнал поступило так много коммитов, проблема может быть в машинном дБ, поскольку узким местом для фиксации является узкое место.
Отслеживать значение ожидания ввода-вывода ЦП БД, которое не может превышать 1 / количество ядер. Например, если 8 ядер, IO wait должно быть меньше 12%.
iotop можно использовать для отладки процесса чтения / записи ввода-вывода, а iostat можно использовать для мониторинга ввода-вывода.