Убедитесь, что на вашем CI-сервере установлен .NET 3.5, и проверьте путь к MSBuild. Поскольку .NET устанавливается параллельно, возможно, вы не обновили путь к MSBuild, и вы могли использовать старую версию. Убедитесь, что вы используете MSBuild, который находится по адресу% windir% \ Microsoft.NET \ Framework \ v3.5. Это позволит собрать любую версию MSBuild (конечно, до VS 2010)