Не уверен, что понимаю ваш вопрос.
Для обновления ячеек таблицы вы просто используете
table.setValueAt(...);
Чтобы обновить всю таблицу сразу, вы можете создать новую TableModel, а затем обновить таблицу новой моделью:
TableModel model = new YourTableModel(...);
table.setModel( model );
При обучении работе с моделями начните с DefaultTableModel, поскольку он также поддерживает динамические изменения модели с помощью addRow (...) и removeRow ().