Я не думаю, что закрытый исходный код повлияет на его перенос на Linux - в любом случае, то же самое.
Просто найдите альтернативы любым библиотекам, специфичным для win32, или используйте слой совместимости при необходимости. Тем не менее, вашей команде может понадобиться очень тщательно продумать, какие дистрибутивы они хотят поддерживать.