Да, вы можете сделать это. Создайте два (скользящих) файловых приложения в вашей конфигурации, а затем настройте свои регистраторы следующим образом:
<appender name="FileAppenderWebservice1" type="log4net.Appender.RollingFileAppender">
<file value="c:\logs\webservice1.txt" />
...
</appender>
<appender name="FileAppenderWebservice2" type="log4net.Appender.RollingFileAppender">
<file value="c:\logs\webservice2.txt" />
...
</appender>
<root>
<level value="ALL" />
</root>
<logger name="YourNameSpace.Webservice1Class">
<appender-ref ref="FileAppenderWebservice1" />
</logger>
<logger name="YourNameSpace.Webservice2Class">
<appender-ref ref="FileAppenderWebservice2" />
</logger>
Для этого необходимо создать регистратор для каждой веб-службы, например:
ILog logger = LogManager.GetLogger(typeof(WebserviceClass));