В прошлом я успешно использовал оба проекта, но у меня также были случаи, когда возникали проблемы. Режим noconflict в jquery вам здесь не поможет, поскольку библиотеки ajax MS не используют «$» сам по себе (его всегда $ get () или что-то подобное).
Я думаю, что корень вашей проблемы может лежать в виде элементов управления, которые вы используете из инструментария (панели обновления - это просто чистое зло, без двух причин) и какие сумасшедшие вещи они делают, когда загружается страница. Однажды у меня возникла проблема, из-за которой библиотеки, на которые ссылается тег, не загружались, и я смог обойти эту проблему, переместив теги сценария для элементов, которые отсутствовали, в конец разметки (звучит странно, я знаю).
Хотел бы я дать более осязаемый совет.