Запуск syncdb
не обновляет существующие значения ContentType - они хранятся в базе данных и не изменяются. Таким образом, отношения, которые зависят от них, не будут затронуты.
Вновь определенные модели, однако, получат новые значения ContentType при запуске syncdb, и в настоящее время нет способа заранее определить, какими они будут. Как указывает Людвик, эта проблема решена в 1.2.