В последнее время я провел ТОННУ исследований по этому вопросу, так как скоро планирую запустить собственную небольшую прессу.
Это действительно зависит от того, что вы хотите, чтобы ваш конечный результат (PDF, HTML, другие?), И о чем книга.
Режим организации великолепен, как я уверен, вы знаете, потому что он расширяется, как и вы. Я часто пишу свои наброски в режиме org, затем просто заполняю основной текст, когда я действительно готов начать писать.
ЕСЛИ это проза, и вам просто нужно несколько простых делений (главы и разделы и не так много другого), режим org -> latex вполне подойдет. Тогда у вас также есть возможность режима org -> html
Если вам нужна математика, вы можете просто написать математику прямо в файле режима org.
Если это действительно техническая информация, может быть неплохо докбук (emacs + nxml), тогда dockbook 4.5 -> jade -> jadetex -> pdf.
Я бы держался подальше от docbook 5, потому что он использует FOP для создания PDF-файлов, а набор текста действительно уступает латексному.
НИЖНЯЯ ЛИНИЯ: если вам нужен PDF, используйте org -> latex, путь наименьшего сопротивления;) - что бы вы ни делали, сначала сконцентрируйтесь на содержании книги и переживайте, как это будет выглядеть до тех пор.
А почему бы не публиковать бумаги? Вы смотрели на lulu.com? Я недавно отформатировал книгу с латексом, загрузил pdf в lulu и попросил их распечатать. Качество довольно хорошее, и определенно стоит посмотреть. У меня дома есть тонна закладок о публикации, если вам интересно.