Вам нужно будет использовать загрузчик для установки .NET и вашего приложения, поскольку у вас не может быть запущено два процесса MSI одновременно.
Обычно вы используете LaunchCondition в MSI для предотвращения установки вашего приложения, если .NET не найден, это останавливает ситуацию, когда пользователь устанавливает ваше приложение, но отменяет установку .NET, то есть ваше приложение не может быть использовано .
Пример использования WiX и Visual Studio можно найти в руководстве по WiX под Как: установить .NET Framework с помощью загрузчика
Я также слышал довольно хорошие отзывы о загрузчике dotNetInstaller , хотя сам никогда не использовал его.