Наличие окон, которые запускаются как SYSTEM на рабочем столе пользователя, является проблемой безопасности, вам действительно следует использовать какую-то другую форму IPC (Если все, что вам нужно сделать, это уведомить службу, не предоставляя никаких других данных, (глобального) именованного события должно быть достаточно)
Если, с другой стороны, вы хотите получать уведомления от самих окон об изменениях устройства, событиях питания, сеанса и т. Д., То вы не делаете этого с сообщениями, когда работаете в качестве службы, вы получаете эти события в вашем HandlerEx