Вы правильно поняли самую важную часть. Используйте контроль версий. Subversion - хороший выбор.
Я обычно храню конфигурацию вместе с сайтом; при кодировании сайта на основе PHP у меня есть файл с именем config.php-dist. Если вы хотите, чтобы сайт работал вообще, вам придется копировать + редактировать все необходимые параметры (это позволяет избежать хранения паролей в управлении версиями). Файл -dist должен иметь разумные значения по умолчанию.
Загрузка каталогов должна быть относительной, если это возможно; на самом деле все каталоги должны быть относительными. У меня нет опыта работы с ASP.net, но если это что-то вроде PHP, то текущим каталогом всегда является каталог запрашиваемого файла. Если вы направите все запросы через один файл (например, index.asp), то это можно найти даже программно. Или вы можете найти его программно, используя эквивалент dirname(____FILE____)
в вашем файле конфигурации.
Я также рекомендую установить IIS (или любой используемый вами веб-сервер) на всех рабочих станциях разработки (включая дизайнеров). Облегчает жизнь, так как никто не может наступить друг другу на пальцы ног. Для этого нужно просто добавить тестовые хосты в файл hosts (\ windows \ system32 \ drivers \ etc \ hosts iirc) в дополнение к добавлению сайта в локальный IIS. Это хорошо работает с контролем версий (извлечение, добавление сайта в IIS и hosts-файл, редактирование, редактирование, редактирование, фиксация).