Я могу найти версию flex 3 с момента выпуска flex 4. Будет ли flex 4 работать с моими старыми файлами проекта?
Да ... это будет работать. Просто импортируйте свои проекты Flex 3 в Flex 4.
http://www.adobe.com/devnet/flex/articles/flexbuilder3_to_flashbuilder4.html