У вас не может быть сборок .Net 1.1, работающих в том же процессе, что и сборка .Net 2.0+ - попытка сделать это приведет к ошибке.
Что касается IIS, это означает, что вы не можете иметь сайты / виртуальные каталоги .Net 1.1, работающие в том же пуле приложений, что и сайты .Net 2.0 и выше, - вам нужно создать отдельный пул приложений, чтобы сохранить код .Net 1.1 работает в другом процессе. (Это может быть сделано только в IIS 6.0 и выше, т.е. не в Windows XP)
Однако, как говорит nobugz - от .Net 2.0 до .Net 3.5 все используют один и тот же CLR, и поэтому разные версии кода .Net можно без проблем смешивать в одной сборке - это также относится и к IIS (.Net 2.0 и код .Net 3.5 может успешно сосуществовать в одном пуле приложений)