Кажется немного странным, что fs.Position из решения Фула не сработал.
Эквивалент будет
fs.Seek(0, SeekOrigin.Begin);
С другой стороны
вместо использования одного и того же файлового потока:
//OrigPath is the path you're using for the FileReader
System.Xml.XmlWriter writer = System.Xml.XmlWriter.Create(OrigPath);
xmlDoc.Save(writer);
writer.Close();