5000 итераций на 50000 записей за цикл? Если вам нужно выполнить так много обработки, вы наверняка сможете оптимизировать свою логику обработки для более эффективной работы. Это даст вам большую скорость по сравнению с усеченными таблицами.
Однако, если вы закончили с данными во временной таблице, вы должны их усечь или просто убедиться, что следующий процесс, использующий таблицу, не будет повторно обрабатывать те же данные снова.
например. иметь флаг «обработан», поэтому новые процессы не используют существующие данные.
ИЛИ ЖЕ
удалить данные, когда они больше не нужны.