У меня была эта проблема, потому что у моего ствола и ветви была странная история.
Как это:
/---------\
trunk -------+---+ +---\
\-----------BOOM!
Объединение ствола -> ветка не работает.
Слияние ветки -> хотя ствол работал.
/---------\
trunk -------+---+ +---+-----
\---------/
Возможно, потому что ствол имел лучшую информацию о последнем предке, которым они поделились.
В моем случае я не был готов слиться с магистралью, но я смог создать новую ветвь из ствола и слить туда свою старую ветвь.
/---------\
trunk -------+---+ +---+-------
\ \---+--
\-------------/