Это довольно плохая ситуация.
Если это для какого-либо серьезного проекта, вам нужно решить эту проблему iframe и просто избавиться от них.
Нельзя сказать, что поисковые системы не могут использовать iframe, они могут, но они индексируют то, что находится внутри iframe, который в вашем случае выглядит как www.site1.com.
Чтобы получить доступ к другим сайтам в поисковых системах без удаления iframe, возможно, но вам придется принять решение.
Идея
Поместите переписывание URL на свой сайт iframe (othersite.com), чтобы он обслуживал все страницы сайта site1.com. Используйте переписывание URL-адресов, а не перенаправления URL-адресов, чтобы страница, по-видимому, поступала с othersite.com.
Добавьте карту сайта к othersite.com, чтобы Google мог найти все эти страницы.
Решение
Чтобы Google не думал, что othersite.com - это просто клон site1.com, вам нужно заблокировать site1.com в поисковых системах.
Заблокируйте ваш site1.com от индексации с помощью robots.txt
Это будет означать, что любой накопленный вами Google сок, например рейтинг страницы или устаревший домен, будет потерян. Если это бизнес, который зависит от поисковых систем для бизнеса, вы должны подумать об этом.
Заключение
Я никогда не пробовал эту технику, просто у меня была идея решить вашу проблему.
Это не симпатичное решение и не то, что вы должны делать со своей стороны (если кто-то еще читает это).
Лучшее решение для вас - избавиться от своих фреймов. Если у вас есть проблемы с невозможностью контролировать html внутри фреймов верхнего и нижнего колонтитула, тогда есть еще лучшие решения, чем использование iframe.
Например, вы можете использовать HtmlAgilityPack для анализа html, который должен быть в этих заголовках, и выложить его в шаблон с измененными идентификаторами, чтобы вы могли содержать css.